新店區的草叢、山區或是平地，皆可看見外來種的蹤影。在地的自然專家和學者紛紛指出，這會導致原生物種的基因干擾，嚴重影響生態發展。
一般民眾最難分辨的外來動植物為斑腿樹蛙和小花蔓澤蘭，除此之外，台灣自然科技協會團長張聖賢也指出，近期侵擾新店山區的植物還有紅樓花。紅樓花原產為中美洲，是標準的蝴蝶蜜源植物，通常生長於陰暗地區，由於繁殖能力好，嚴重擠壓原生植物生長空間，使得原生樹木不能存活。
張聖賢表示：「人為才是外來種侵占本土的主要元兇，民眾常會認為放生是好事。」
很多民眾會養一些動植物，養膩了不知道該怎麼處理，就會選擇直接放生到野外，這不僅會讓本土物種棲地被掠奪，還會有疾病傳染等問題出現。
